王辰浩同杳尔斯协商完毕出来时，那边奕和俄国方面也早就谈完了。
奕同王辰浩交谈了一阵，将俄国的态说了一遍。
俄国还是反对清帝国向〖日〗本索要如此巨额的赔款，要求降至一千万英榜可以接受。但王辰浩告诉奕，不用甩俄国人，早晚都会跟俄国打一仗的。奕问向王辰浩美国人的意思，王辰浩于是告诉他美国人已经摆平。奕顿时大喜，美国人中途变卦，俄国便孤掌难鸣了。
随后，清日双方重新谈判，清政府方面坚持不变，但是放宽了还款时间。美国方面转而支持清帝国，导致俄国孤掌难鸣，〖日〗本顿时陷入无助状态。不过，查尔斯似乎也跟林董达成了某种协议，许诺给〖日〗本一定的帮助后，最终迫使林董同意了赔款两千万英榜的条件。
由于王辰浩威胁〖日〗本，如果不尽快缔结合约，将命令清帝国海军动手，这令〖日〗本政府害怕不已。于是在美国答应低息贷款给〖日〗本所需赔款之后，〖日〗本政府同意了王辰浩提出的全部条件。
6月12日，清日双方在北京签署了《清日北京条约》，条约规定：第一款、废除包括《中日北京专条》、《中日基隆议定书》等在内的自1897年6月11日之前清日两国签订的全部条约、协定、宣言和合同。
第二款、〖日〗本从琉球群岛撤军并承认琉球的自主独立：〖日〗本放弃对琉球的宗主国要求，承认琉球王国是清帝国属国：第三款、划…定琉球王国领地领海。自〖日〗本南部的九州岛往西南延伸约1.100公里到台湾东北，包括大小岛屿55个，从北到南，包括大隅诸岛、吐噶喇列岛、奄美诸岛（统称“萨南诸岛”属鹿儿岛县），冲绳诸岛和先岛诸岛（统称“琉球诸岛”属冲绳县）。面积共4635平方公里。
第四款、〖日〗本赔偿〖中〗国军费两千万英榜，限定以英榜和美元偿付，以关税、盐税和常关税作担保，分凹年还清，年息4厘，本息共计四千两七十万英榜。
第五款、〖日〗本开放长崎、大俊、名古屋、东京为商埠，〖中〗国轮船可以沿内河驶入以上各口：第六款、允许华人在〖日〗本通商口岸设立领事馆和工厂及输入各种机器：第七款、单项（片面）最惠国待遇：第八款、〖日〗本不得逮捕为〖中〗国军队服务的人员：第九款、琉球王国内〖日〗本居民，两年之内任便变卖产业搬出界外，逾期未迁者，将被视为琉球臣民，大清属民：第十款、允许〖中〗国在各通商口岸投资设厂，将产品销往〖日〗本内地、
免受内地税。
第十一款、限令本条约在九日内批准本生效，逾期后果有日方承担。
第十二款、本约批准互换日起，应按兵息战。
第十三款、自本约奉大清帝国皇帝陛下及〖日〗本国天皇批准之后，定于光绪二十三年五月二十二日，即〖日〗本明治三十年六月二十一日在天津互换。
为此，两国全权大臣署名盖印，以昭信守。
中日《北京条约》缮写两份后，当即分别送给北京的光绪皇帝和东京的明治天皇加盖玉玺。
由于王辰浩在条约内限定了九日内必须批准生效，否则将述诸武力，使得〖日〗本国民来来不及得知条约的内容，明治天皇便加盖了玉玺。
对于清政府来说，这是第一个不是针对自己的不平等条约。光绪当天就加盖了玉玺，宣布条约生效。
六月二十一日。清日双方代表在天津交换了条约文本，宣告清日两国丁酉战争结束。
清日《北京条约》签订的消息传出，自是几家欢喜几家愁。
最高兴的莫过于清帝国了，大半个世纪以来一直遭人欺负，如今总算是扬眉吐气的一把。虽然对方是弱小的〖日〗本，不是西方列强，但是第一次不再签订针对自己的不平等条约，足够欢喜庆祝了。